咳嗽有痰做雾化是否有副作用，要视具体情况来定。
对于部分咳嗽有痰的患者是可以通过使用相应的药物雾化治疗，其副作用并不大，此时雾化能起到一定的止咳、祛痰的作用。例如部分患者可以选择黏液松解剂起到稀释痰液，使患者更容易地咳出痰液。部分患者气道呈现高敏状态或有支气管痉挛和喘闷症状时，还可以使用支气管扩张剂以及糖皮质激素做雾化治疗。
雾化治疗总体上是安全有效的，其不良反应相对偏小，但少数患者做雾化时有可能诱发支气管痉挛，而使其咳嗽症状加重，甚至出现喘闷的副作用。此外，有时雾化药物有一定的副作用。例如患者在使用支气管扩张剂和糖皮质激素雾化时，有可能出现心慌、手抖、咽喉疼痛，甚至局部咽喉感染等情况发生。