小飞虫进到眼睛里不舒服，有可能是患结膜炎。小飞虫本身就带有细菌或病毒，进入眼睛后有可能导致结膜炎。或者小飞虫飞进眼内后习惯性的用手揉搓眼睛，也可能会引起细菌性的结膜炎。
所以应该扒开眼皮，尤其是要翻转上眼皮，检查一下有没有小飞虫在里面，用干净的棉签及时的把小飞虫取出来，小飞虫在眼睛里面有可能对角膜、结膜造成损伤，或者用手揉搓后引起结膜充血水肿等。
因此需要滴消炎的滴眼液预防感染，缓解不舒服的症状，较轻的三、五天就可以恢复，如果症状不缓解，需要及时到医院就诊。