正骨最主要的危害就是医生对正骨的适应症了解的不够详细，或者是手法不够专业，从而导致病情的加重，形成不可逆的危害。
有些疾病是不能通过正骨来治疗的，比如脊髓型颈椎病或者是腰椎间盘突出压迫脊髓，这两种疾病一旦进行正骨治疗，则会出现神经、脊髓的损伤，严重者甚至会出现瘫痪。
另外，如果正骨医生没有接受过正规的培训，正骨的手法以及力量没有达到成熟的标准，这样会加重患处的移位。给患者带来不必要的痛苦。所以患者一定要去正规医院进行正骨治疗，否则，可能会导致不良后果。