真菌性脑膜炎主要是进行脑脊液检查、头颅CT、磁共振检查等进行明确诊断。
在进行脑脊液检查时通常会发现压力增高，外观可发现微浑浊或者是透明的状态，并且蛋白含量会增高，在进行脑脊液隐球菌培养时一般会出现阳性。通过CT与磁共振检查，能够明确发现脑水肿，或者脑积水等局灶性异常。在进行以上检查前，还应当对患者的临床症状做一些了解，患者会出现颈项强直、抽搐、头痛等不适症状。
通过以上检查与临床症状相结合进行综合诊断，可确诊为真菌性脑膜炎。