巧克力囊肿做穿刺大多并没有太大的危害，也有的患者会因为做穿刺治疗导致巧克力囊肿破裂，而导致病灶扩散，导致广泛的子宫内膜异位症的发生。
因为巧克力囊肿虽然是属于良性肿瘤，但是也会有恶性行为；也会因为病灶种植在其他的部位而导致过度增殖；也会有比较小几率导致感染问题发生的可能。
巧克力囊肿做穿刺治疗大多并不能很彻底的治疗，也是建议根据检查的结果来决定是密切观察还是要做手术治疗。因为确实很多人做穿刺治疗之后，就会很快复发。