肛周脓肿好了以后，少部分还会复发。
肛周脓肿自行破溃或切开引流后，脓液排干净后可能会暂时愈合，间隔一段时间，还会复发，再次形成肛周脓肿。因为大多数肛周脓肿来源于肛管内肛窦感染，肛窦处形成内口，感染蔓延在肛周形成脓肿。肛周脓肿破溃或切开引流后，由于没有处理肛窦内口，一旦再次出现感染，还会在肛周再次复发形成脓肿。
所以肛周脓肿第一次手术时，一定要处理内口，根除感染源才能使肛周脓肿治愈，不再复发。