核酸检测目前主要采用咽试子取样来进行检测。咽试子检测是用一次性取样管内的棉签，在咽喉中部擦拭蘸取唾液样本，然后放置在化学溶液中。
由于咽试子会给患者带来一定痛苦，有些地区和机构还采用鼻试子的方式进行检测。鼻试子是用取样棉签，深入受检者的鼻腔，蘸取鼻腔内的液体送检。两者其实都是对上呼吸道的分泌物做排查性检测。
对于疑似阳性，或者治愈后转阴性的患者，则需要做肺泡灌洗液的核酸检测。这种针对于下呼吸道分泌液体的检测，准确性更高，但取样过于复杂，通常不在大规模排查中使用。