肛拭子核酸检测会先在肛门内2~3cm处取样，然后制成标本，最后送核酸检测。
肛门、口腔、鼻腔处的核酸检测流程基本一样，都是先采集标本，然后做核酸检测，口鼻处取的是分泌物，肛门处取的是粪便。之所以要做肛拭子核酸检测，是因为有些症状轻的感染者恢复很快，咽部核酸检测可能检测不到，而粪便核酸阳性持续的时间相对更长，采用这种方法检测的准确性要高一些。
肛拭子核酸检测目前主要在高风险地区和重点人群身上使用，做肛拭子采样前两个小时不要进食，半个小时内不要喝水，取样的过程可在数分钟内完成，不用太紧张。