牙有黑洞通常可以通过补牙来修补，有时需要经过根管治疗后才能修补，严重的甚至需要拔除。
牙有黑洞通常是由龋坏造成，根据龋坏缺损的大小治疗方案也各不相同。如果缺损没有到达牙髓，患者没有明显的疼痛，范围也不大，可以通过单纯的补牙，也就是采用牙科充填材料修补缺损，恢复牙体的外形和功能即可。
如果缺损形成黑洞较大，甚至到达了牙髓，有了明显的疼痛症状，造成牙髓炎甚至根尖炎，则需要通过根管治疗后再行充填修补，充填后还建议行冠套修复保护患牙。如果黑洞较大，龋坏已经到达了牙根甚至更深的位置，患牙则没有保留的价值，则需要拔除后再行进一步修复。