肛门有脓液流出，主要就是通过手术进行治疗，或者是通过药物进行治疗。
肛门有脓液流出，需要明确诊断，需要到肛肠科做肛门局部检查，一般是通过肛门指检、肛门镜检查，或者是进行肛门周围核磁共振检查。另外，还可以进行电子大肠镜检查。
引起肛门有脓液流出的疾病，主要就是有直肠黏膜下的脓肿，或者是由肛窦发炎的情况，或者是有肛门周围间隙的脓肿。如果是由于感染性质的疾病所引起的，通常会建议患者采用手术的方法进行治疗，手术一般都是进行根治性的手术，处理原发的感染内口，最大程度上降低术后复发的几率。如果肛门有脓液流出，是炎症性肠病所引起的，主要就是通过药物进行治疗，溃疡性的炎症性的疾病，一般是采用5-氨基水杨酸制剂。