灌肠疗法是治疗便秘的有效措施，经常灌肠就会使肠道产生依赖性，在症状改善后，以口服药物全身调理为主。
灌肠液一般为温的生理盐水，如果灌肠液为肥皂水则对肠道黏膜刺激太大，如果水温过高或者是过低，均可对肠道黏膜产生不良的刺激，灌肠器的口部如果太尖锐，插入时容易刺伤，划伤黏膜，导致肠道或肛管粘膜出血。
如果患者患有不明显的肠梗阻，灌肠过程中因大量灌肠液导致肠管压力增大，出现肠道穿孔，急需手术治疗，这也是常见的并发症，后果较严重。