粪瘘的临床症状和粪瘘的类型，以及严重程度有关。
对于直肠阴道瘘，如果瘘口很小的患者，可能阴道内并无明显的粪便排出，但会有排气。如果瘘口比较大，患者会表现为阴道内有持续性或者间断性的粪便排出，严重的甚至会导致成型粪便排出，也会伴有排气现象，会伴有生殖系统炎症。
而对于直肠尿道瘘患者会出现明显的尿路感染症状，会导致尿频、尿急、尿痛。瘘口比较大的患者排尿时，尿液中会有粪便样物排出，粪石瘘入时有可能会出现尿道梗阻，而致排尿不畅，会伴有尿道排气。