甲状腺功能减退，大部分需要服用左甲状腺素来代替治疗，但是具体用药还应该根据检查的结果来决定。有一些亚临床甲减的症状并不明显，甲状腺激素降低也比较少，只需要服用小剂量的甲状腺素就可以。甲功恢复到正常后，是有可能会停药的，但是需要定期复查。
如果是比较严重的甲状腺功能减退，基本上都需要终身服用左甲状腺素。但是需要定期复查甲状腺激素变化，来调整用药的剂量。避免因用药过量而引起药物性甲亢。
在治疗期间还应该注意增加碘的摄入，可以起到部分辅助治疗作用，促进恢复。