宝宝灌肠的副作用有很多。宝宝灌肠是将一定容量的液体，从宝宝肛门灌入到肠道内的方法，主要是用于软化大便，促进肠蠕动，使大便迅速排出。在手术上把肠道清洁干净，也用在孩子发烧的时候，给予灌肠降体温。
虽然作用明显，但相对由于宝宝小，肠道功能还没有完全发育好，经常灌肠会引起好多不良反应。首先可能会有肚子胀痛、拉肚子、吐酸水，还可能会引起肠黏膜损伤，造成宝宝营养吸收不良，影响其生长发育，再还会引起肛门松弛等。