通常过敏性急性小管间质性肾炎的鉴别包括如下两种疾病：
第一，急性肾小管坏死。急性肾小管坏死的主要原因是，患者有肾毒性药物应用史或者患者起病之前有低血压、脱水、休克等，导致肾脏灌注不足引起肾缺血，导致急性肾小管坏死。患者往往表现有严重少尿、无尿，尿中可以出现脱落肾小管上皮细胞，这些病史及症状有利于急性肾小管坏死的诊断。如果患者有药物应用史，同时伴有全身过敏现象。如出现皮疹，血中IgE升高，尿中嗜酸性粒细胞增多、贫血，这些临床表现有利于过敏性急性小管间质性肾炎的诊断。
第二，急进性肾小球肾炎。该病病情发展快，临床表现有血尿、蛋白尿、水肿、高血压。患者在短期之内肾功能急剧上升，从而导致尿毒症的发生，部分患者通过实验室检查还可以发现有一些特异相关抗体，比如ANA，ANCA和抗GBM抗体阳性等，这些有利于急进性肾小球肾炎多诊断。
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