感染性急性间质性肾小管肾炎需要与药物相关性急性肾小管肾炎相鉴别。全身感染相关性急性间质性肾小管肾炎患者一般多无全身过敏表现，外周血及尿中的嗜酸性粒细胞一般不高有助于鉴别诊断。值得注意的是，临床上许多患者在感染初期已经开始应用抗生素或解热镇痛药物，因此很难以除外药物因素的影响。
一方面应尽快进行可疑病原体的检查，创造条件控制感染后进行肾活检。另一方面需在尽量避免应用可疑药物的情况下积极抗感染治疗，密切监测停药及抗感染治疗后病情的变化，综合各方面的信息做出病因的诊断。