尼兹诺夫综合征的并发症主要是局部或者是全身的念珠菌感染，而且非常严重，可以反复的发生。病人经常会出现致死性的水痘、肺猪囊尾蚴病，还有可能会出现细菌性肺炎、败血症等。如果是种痘以后，有可能会引起全身性种痘疹。
尼兹诺夫综合征患者，还有可能会并发一些自身免疫系统的疾病，有的时候可以出现Coombs实验阳性的溶血性贫血。
通常发生尼兹诺夫综合征的时候，主要是由于患者有嘌呤核苷磷酸化酶缺陷，也就是嘌呤替代途径的酶缺乏，是属于原发性的联合免疫缺陷病，往往预后不良。