尼兹诺夫综合征的患者在使用药物的时候，通常是抗感染的药物为主。可以根据病人的情况，选择广谱的杀菌性的抗生素，也可以选择有效的抗病毒制剂以及抗真菌的药物来进行治疗，另外，还要注意预防感染。对于重症的联合免疫病，可以将患儿置于无菌舱内护理，直至重建免疫功能，要尽量的减少与病原体的接触。
尼兹诺夫综合征的患者，还可以进行免疫替补治疗，可以输注人血丙种球蛋白，提高血清免疫球蛋白的水平，也可以使用转移因子来进行治疗。患者还可以使用胸腺素、干扰素等，或者是腺苷脱氨酶来进行治疗。骨髓移植也是治疗尼兹诺夫综合征可以使用的方法。