新生儿室管膜囊肿的原因可能是以下几点：
1、如果新生儿的父母双方，有一方存在室管膜囊肿，那么就会很有可能遗传给新生儿。
2、如果母亲在怀孕期间长期吸烟、喝酒，长此以往就会导致新生儿出现这种情况，同时还可能会伴随新生儿出现心力衰竭、呼吸急促、皮肤黏膜发黄等症状，严重的可导致新生儿的身体出现一系列疾病，不利于新生儿身体的生长和发育。
3、也有可能是新生儿的自身抵抗力较弱，导致外界细菌或病毒侵入血管，导致血管出现炎症或感染，这种情况也会导致新生儿出现室管膜囊肿。而且还会使新生儿出现易哭闹、身体剧烈疼痛、剧烈呕吐等症状，进而危及到新生儿的身体健康。综上所述，新生儿室管膜囊肿可能是上述几种原因导致。