诊断多系统萎缩在目前没有特定的检查方法。医生主要是依据病人的病史、家族史以及有关的临床表现作初步判断，同时结合一些必要的检查进行诊断确诊。
病理检查，医生取病人的部分脑组织通过显微镜观察，为确诊多系统萎缩提供依据。直立倾斜试验，判断是否存在体位性低血压。肛门括约肌肌电图，帮助明确病人的自主神经功能状态。
同时配合进行头颅核磁共振、头颅CT等影像学检查，便于发现病人的神经系统病变，为进一步确诊提供科学依据。