疱疹性咽炎可以在医生的指导下应用更昔洛韦、阿昔洛韦、利巴韦林等抗病毒的药物。
因为疱疹性咽炎多与机体感染病毒有关，因此需要配合医生进行抗病毒药物治疗。患者可以根据自身的病情，进行雾化吸入或者口服药物进行治疗。如果症状比较严重，可以进行静脉点滴治疗，伴有较为严重疼痛症状，可以服用止痛药物缓解。
另外，如果通过抽血检查后，发现白细胞及中性粒细胞增高，也可以应用抗菌素，如头孢类或者罗红霉素等，具体的要遵医嘱，不可以擅自用药治疗。日常的饮食可以以流质为主，多喝水。