口腔念珠菌病是由念珠菌感染，所引起的口腔粘膜疾病。所以局部或者是全身的药物治疗主要是针对念珠菌。
局部的治疗主要包括碳酸氢钠小苏打溶液漱口，或者是用龙胆紫水溶液涂擦，或者是氯己定溶液进行漱口，华素片含化，也可以用抗真菌的药物，比如制霉菌素咪康唑等漱口或者是含化或者是口服。全身抗真菌药物包括铜康唑、氟康唑、伊曲康唑口服治疗。
对于身体有免疫缺陷或其它全身性疾病者，可以通过注射胸腺肽，或者是服用转移因子等来增强机体免疫力。对于药物治疗无效者，或者是效果不明显，或者是患者不能耐受药物治疗时，也可以考虑做手术来切除。