功能性消化不良的患者胃肠道本身没有病变，常常因为紧张、焦虑、饮食不规律后出现胃肠道蠕动减慢，从而出现腹胀、食欲不振等消化不良的表现，可以吃一些健胃消食片促进消化，改善症状。
同时还可以用一些胃肠动力药，比如多潘立酮、莫沙必利等。如果这些药物没有明显效果，还可以用一些抗焦虑、抗抑郁的药物，比如氟哌噻吨美利曲辛片、盐酸阿米替林、氯硝西泮等。如果症状改善，可以逐渐减量。
这类患者重要的是调整好心理状态，尽量避免焦虑、紧张。同时调整好饮食结构，饮食尽量做到规律，以清淡、易消化的食物为主。