肠易激综合征和克罗恩病是两类完全不同的疾病，有以下几点区别：
首先，两者临床表现和诱因不同。肠易激综合征可以出现腹痛、便秘和腹泻，腹痛的部位不固定，大便中有黏液，但是一般没有脓血，常常是因为紧张、焦虑、心理压力大时诱发。而克罗恩病常常表现为腹泻、腹痛、腹部包块形成，这类患者腹痛部位比较固定，常常位于右下腹或脐周。如果患者的病变侵犯到结肠下段或直肠，可能出现脓血便的表现。
其次，两者镜下表现不同。肠易激综合征患者做电子结肠镜检查，一般提示肠黏膜是正常的，而克罗恩病做电子结肠镜检查，可以看到回肠末端和附近的结肠有很深的裂隙样溃疡，做病理检查提示非干酪性肉芽肿性炎症改变。
最后，两者治疗方法不同。前者主要是对症支持治疗，后者需要抗炎治疗。