咽扁桃体肥大是有可能会萎缩。
首先，如果是生理性的咽扁桃体肥大，多数会随着儿童身体的发育逐渐自行萎缩。其次，如果咽扁桃体肥大发病初期，肥大的情况不严重，此时，尽快使用了抗生素类药物以及鼻腔喷雾等的药物来治疗，可促进咽扁桃体的萎缩。
但是，咽扁桃体过度肥大或是已经长期肥大的情况，则萎缩的几率较低。此时就建议尽快通过手术切除扁桃体的方式来进行治疗。否则，可能会引发患者出现睡眠呼吸暂停综合征、中耳炎、扁桃体炎等各类疾病。