瞳孔的颜色不一样主要是由于虹膜的色素决定。
瞳孔周边有一圈组织，称之为虹膜组织。该组织主要是由结缔组织构成，但是其表面含有较多的色素，由于色素的含量不同，分布的范围不一样，就会导致其颜色表现不同，有黑色、棕色、灰白色，或者蓝色等。这个时候看眼睛就会觉得瞳孔颜色不一样，像国外人的瞳孔颜色都偏浅，亚洲人大多是棕褐色。
此外，还有一些病理性的物质沉着在虹膜组织上，从而会导致虹膜呈现铜绿色等异常的表现。