治疗急性结膜炎不需要口服用药，常局部使用抗感染、抗炎的滴眼液进行治疗。
结膜炎可由细菌或病毒感染引起，因此应当选择抗生素或者抗病毒的药物。若眼部炎症较重，可配合使用非甾体类消炎药或者糖皮质激素滴眼液。眼部分泌物较多时可以做结膜囊冲洗，将结膜囊冲洗干净，再使用滴眼液治疗，效果更加。
若睑结膜伴有伪膜增生，应当去除伪膜。若眼部炎症较重，伴有明显的眼睑红肿疼痛，可口服用药，在饮食上主要是清淡饮食。