生化妊娠引起的原因比较多，有母体的因素，还有受精卵的因素。
如果是受精卵发育不是很好，或者是有染色体的异常，受精卵到达宫腔着床以后，不能够继续发育，就会造成生化妊娠。
母体的因素有子宫内膜比较薄或者是子宫内膜比较厚，都会对受精卵有影响。过薄的子宫内膜，受精卵不能够着床、生长。或者是子宫内膜过厚，受精卵离基底层比较远，得不到充足的营养。
孕妇有免疫性的疾病，也会造成生化妊娠。但是生化妊娠对身体是没有影响，所以不需要太担心。