出现生化妊娠多数情况下是由于卵泡或者是精子没有发育好。在受精卵形成的过程当中，也没有发育好引起来的生化妊娠。多数情况下是由于受精的时候本身有缺陷。或者是双方染色体出现异常。也有一部分人是在孕酮分泌不足，或者是子宫内膜异位。在受精卵着床的时候，子宫内有炎症感染，或者是子宫发育不良、子宫内膜息肉或者是宫腔粘连这一类的疾病。都会影响到受精卵的着床，导致着床不利而导致生化妊娠。
出现生化妊娠，还有一部分是由于自身免疫因素有关系。在这期间认为不孕的女性血清中。存在有透明的带自身抗体。与透明带起反应。然后会出现生化妊娠的现象。