生化妊娠发生的原因，并不是都绝对明确。
比如有的生化妊娠，本身是精子或者卵子的质量问题导致；有的是在形成受精卵之后，有基因突变的问题导致；也有的生化妊娠的发生，是和女性的输卵管或者子宫内环境等情况有关，或者是和各种病毒感染影响了胚胎的质量有关；也有的是和女性的内分泌或者免疫情况等等相关。
生化妊娠的发生几率本身非常高，比正常怀孕的几率还要高一些。所以，发生生化妊娠之后，按照正常的来一次月经对待就可以。必要时可以做孕前检查，来寻找身体的异常情况。