膈肌疾病的治疗主要依据膈肌疾病类型的不同，予以相应的对症以及对因治疗。
如果是各种原因导致的膈肌痉挛，要积极治疗导致膈肌痉挛的原发病，同时给予镇静药物来缓解膈肌的痉挛状态。
对于膈肌麻痹的治疗，主要是对导致膈肌麻痹的病因的治疗。一般对于炎症或者其它原因引起的膈神经麻痹，患者大多数在6个月左右恢复，往往不需要特殊的治疗；而恶性肿瘤引起的膈肌麻痹，需要进行手术切除。如果患者患有膈肌肿瘤，要依据肿瘤的良、恶性，予以手术、放疗及化学治疗。