新生儿低体温时免疫功能降低，可以合并严重感染。因为新生儿的体表面积比较大，而且皮下脂肪薄，尤其早产儿棕色脂肪少，体温调节中枢没有发育成熟，体温调节能力差。而且如果出生以后不能及早的进食，摄入能量不足，很容易发生低体温。
低体温时容易产生皮肤硬肿，严重的可以损伤到各个脏器功能。由于患儿低体温又得到及时的纠正，严重的会引起多脏器损害，可以出现呼吸减慢或者暂停，甚至影响到血压下降。
神经系统可以出现为对外界反应的反应降低，尿量可以出现减少，严重的出现代谢电解质紊乱。由于免疫力降低可以合并严重的细菌感染，查血可有血小板减少，常与病情的严重程度平行。