卵巢囊肿确实是会导致内分泌失调的发生，但是几率并不会很大。比如有的患者是有输卵管卵巢脓肿，也是有可能会影响到卵巢功能或者有巧克力囊肿反复发生，无论用药或者做手术治疗，都是有可能会影响到卵巢功能导致内分泌失调。
也有一部分卵巢囊肿本身就存在内分泌功能，会影响体内的激素水平，也可以导致月经失调的发生。但是这些发生几率都是很低的，大多的卵巢囊肿并不会对内分泌造成影响，不会导致月经失调。
有月经失调的情况还是要考虑是卵巢本身功能异常，或者存在高泌乳素血症等。