慢性萎缩性胃炎可以做电子胃镜检查确诊。慢性萎缩性胃炎的患者做电子胃镜检查，可以看到胃黏膜变薄，颜色变浅或发灰、发白，黏膜下可以看到血管以及胃黏膜的皱襞变得平坦或消失，有时候能够看到上皮增生或肠化形成的细小颗粒或结节。
此时可以取一块典型病变的胃黏膜作病理检查，如果病理检查提示胃黏膜的腺体也发生萎缩，可以明确慢性萎缩性胃炎的诊断。此外，还可以抽血化验B细胞抗体或内因子抗体，如果这些抗体阳性，也提示慢性萎缩性胃炎。慢性萎缩性胃炎诊断后，建议及时治疗。
如果患者病理结果同时提示萎缩性胃炎伴有高级别类瘤变，建议做内镜下黏膜切除治疗，同时需要定期复查电子胃镜。