12种高危HPV阳性的处理与患者手术病程阶段有关。
如果高危HPV为阳性，患者正处于病毒感染急性期，可以使用抗病毒药物进行治疗。如果未处于急性感染状态，同时一般状态良好，对于女性筛查者不合并明显阴道以及宫颈病变，则可以暂时不处理，但需要间隔3~6个月进行宫颈癌筛查。
如果女性筛查已合并严重宫颈病变或宫颈黏膜不典型增生，则需要进行手术治疗。如果感染人群表现为皮肤黏膜疣状增生，如扁平疣、尖锐湿疣等，可以使用物理疗法进行局部清除。