流行性感冒后期咳嗽、有痰与流感病毒感染导致的气管炎或支气管炎有关系。
由于流感病毒感染气道黏膜常引起明显的咳嗽症状，到后期会影响到气管黏膜，导致气管黏膜高反应状态，并且病毒继续破坏气道黏膜，导致气管内分泌物增多引起咳嗽、有痰。再就是有可能流感后期合并其他病原体的感染，如细菌、支原体、衣原体等，也可以出现咳嗽有痰，多为白色黏痰。
如果有黄痰应该通过化验血常规、胸片、C-反应蛋白确定诊断，确定是合并细菌感染还要使用抗生素治疗。