查找造成输入袢综合征的病因，包括术后吻合口的水肿、造成输入袢的狭窄、或者是手术缝合时将输入袢缝合过窄所致。术后如发生输入袢综合征，需及时查明病因。
如为术后吻合口水肿造成的梗阻，需行胃肠减压，禁食水，给予补充能量，根据病情给予止痛、抑制胃酸护胃、预防感染等对症处理。注意及时行血液检查，如发生低蛋白血症或贫血，及时给予输血、补充白蛋白，通过消除水肿以达到治疗效果。
如为手术缝合时造成的狭窄，除进行上述处理外，可根据病情需要进行二次手术，行吻合口扩张术或进行胃肠道改道手术。