角膜厚度检查一般不会很痛苦，具体需要根据检查的方式来进行判断，目前用得较多的测量角膜厚度方式有前节OCT或者A超、超声角膜测量仪等。
一般需要直接接触角膜的检查，在进行之前，医生会给予少量的表面麻醉药物，待到药物起效之后，再进行测量，所以患者一般不会有痛苦不适感；另外一些不需要接触角膜的仪器，可能需要患者盯着一个亮点，然后进行测量，这种情况患者就会有一点干涩感。
但是总体上来讲，角膜厚度检查不会很痛苦，需要的时间也不会很长。