藏毛囊肿的并发症比较多，这种情况出现之后，如果治疗不及时，容易引发局部合并溶血性链球菌感染从而导致深部组织出现红肿，容易引发弥漫性红斑从而出现局部肿胀甚至化脓导致蜂窝织炎。
如果局部在切开引流的时候，没有做好消毒措施，有可能会在脓液流出的部位形成窦道，形成持久性的开放伤口，对人体的健康也会产生不利的影响。其次，这种藏毛囊肿引发感染之后，有可能会在局部引发鳞状细胞癌，从而对人体的健康产生严重的威胁。
所以，在治疗的时候，一定要到正规医院进行治疗，避免并发症出现。