先天性的肛门直肠闭锁术后，有可能会发生切口感染及肛门失禁等并发症。先天性的肛门直肠闭锁是发病率最高的消化道畸形，是胚胎时期肠道发育异常所致。
新生儿出生后进行常规查体，会发现会阴部无肛门。24小时内无胎粪排出，之后逐渐出现食欲不振、恶心、呕吐及腹痛、腹胀等肠梗阻症状。若不及时解除梗阻，会导致胎儿严重的消耗而引起死亡。
手术是唯一有效的治疗措施，术后要积极的预防感染，经常扩肛，防止肛门狭窄。注意锻炼肛门括约肌的功能，防止大便失禁，保持大便通畅，预防便秘的发生。