1.先天性肛门闭锁的并发症主要是由于原发疾病所引起相应的并发症。
2.比如先天性肛门闭锁可以导致低位肠梗阻，那么会表现为呕吐及腹胀。
3.如果呕吐那么有可能会并发肺炎，甚至有可能会导致窒息。如果呕吐比较持续，那么有可能会导致水、电解质紊乱，如果得不到及时的治疗，那么还有可能会并发肠坏死、肠穿孔及腹膜炎等。
4.所以，对于发生先天性肛门闭锁的患者，是需要早期进行积极治疗的。对于该病大的治疗原则是必须解除肠梗阻、重建肛门直肠功能和切除瘘管。
5.首先应该抢救生命，使粪便排出解除梗阻的症状。治疗先天性肛门闭锁时，手术方式和手术时间需要根据不同类型以及有无瘘管而定。
6.对于该疾病手术之后，可能并发的并发症主要包括有：
①肛门狭窄：肛门狭窄是肛门成形手术后比较常见的并发症。
②肛门失禁：术后肛门失禁的原因可能是由于盆腔神经丛或括约肌损伤所引起，多为暂时性的，可以逐渐好转。
③瘘管复发：主要是由于粪便排出不畅或者切口感染，直肠回缩等因素可以造成瘘管复发。
④其他的并发症：主要包括有泌尿系统并发症、粪便潴留综合征等也可以发生，均需要积极的处理。