一般灯心草对于肝功能的损伤相对较小。但从代谢的角度考虑，基本上临床常用的药物都需要经过肝脏代谢，若患者本身肝脏的功能就相对较差，或者存在肝功能的损伤，在使用灯心草进行治疗时，就有可能会造成肝脏的损伤。
除此以外，患者如果长期大剂量使用灯心草，对于肝脏也可能会产生危害。不仅如此，从药性上灯心草偏凉，对于某些脾胃虚弱的患者，长期使用对胃肠的功能损伤更大。
一般在正常的使用剂量下，灯心草的副作用还是较小。