痰细菌培养主要用来诊断肺炎、支气管炎等感染性呼吸道疾病，有利于明确致病菌进行对症治疗。
正常人的痰液应该是无菌的，如果在细菌培养中发现某种致病菌，则考虑有感染。比如肺炎可分为多种类型，比如链球菌肺炎、支原体肺炎、克雷伯杆菌肺炎、葡萄球菌肺炎等，每种肺炎的治疗都有一定的不同。
如果为细菌感染，可选用敏感的抗生素，支原体感染则需要用红霉素等，而痰培养可以有效鉴别出这些致病菌，对疾病的诊疗提供重要的依据。