对于甲亢突眼的治疗，主要根据患者的具体病情决定用药方案。
当出现眼部水肿时，需要适当使用利尿剂减轻局部水肿，并且配合1%甲基纤维素眼药水以及人工泪液来保护眼角膜。当出现眼睑肿胀、结膜充血、眼球活动受限等活动性症状时，需要给予糖皮质激素治疗，并且持续3-12个月。对于合并角膜感染或溃疡的突眼患者，需要配合抗生素使用，以防止感染扩散。
另外，对于甲亢突眼的治疗需要选择口服药物治疗、131-碘治疗或手术控制甲状腺功能亢进的进一步进展。