得了肛门乳头瘤、体积较小、症状比较轻的可采用保守治疗。可用中草药或高锰酸钾进行肛门熏洗、坐浴，可以改善肛门周围血液循环、保持肛门清洁，有利于炎症吸收。坐浴、熏洗后肛门内纳入痔疮栓，外敷痔疮膏。
较大的肛门乳头瘤如果脱出肛门外，应该及时送回肛门内，以免发生水肿、嵌顿、出血、坏死。
肛门乳头瘤是良性肿物，也有恶变的可能，主张早期手术治疗达到根治的目的，手术的方法有肛乳头瘤切除结扎术、电灼法、冷冻疗法。