肛乳头瘤如果非常大时，就可能堵塞肛门。临床上可看到肛乳头瘤可大可小，小的是不会堵塞肛门的，但大的体积会非常大，就有可能将肛门堵塞，导致气体及粪便排出困难。肛乳头瘤距离肛门口非常近，经常会发生脱出的情况，有时可与痔疮脱出相混淆。
服用药物治疗肛乳头瘤是没有效果的，如果肛乳头瘤很大，已经发生堵塞肛门的情况，就要进行手术将其切除，而且还要将切下的组织送病理检查，以防发生恶变。