巧克力囊肿患者有肚子疼，首先看是不是有炎症导致的肚子疼，有的患者就只能是消炎治疗，炎症消退后才能缓解肚子疼。
巧克力囊肿体积偏大的情况，也有的是因为发生了扭转而导致的肚子疼，就必须接受尽早的手术治疗。
也有少数患者肚子疼症状并不是妇科疾病导致。比如有的患者右侧肚子疼是阑尾炎症导致，偏上的位置也有胆囊问题等。
也有少数患者是泌尿科疾病问题，都是需要通过检查明确具体的原因，才能够做相应治疗，治疗后要注意复发。