新生儿溶血对机体最大的危害就是胆红素对中枢神经系统的损伤。
由于红细胞破坏或者血型抗体在体内持续存在，可能会引起贫血，有的可能会持续到生后一个月左右。因为新生儿溶血，大量的红细胞破坏，血液中的未结合胆红素浓度增高，进入中枢神经系统，在大脑基底节、苍白球等部位引起损害导致神经受损伤。在早期患儿可能表现为嗜睡、反应差及肌张力低、拒奶，后期可能会出现惊厥、肌张力增高的表现，以后会进入后遗症期，主要会表现为智力低下、听力障碍等后遗症。
所以早期发现、诊断溶血病，并积极地换血或者蓝光照射退黄，是非常有必要的。