新型冠状肺炎可与上呼吸道感染进行明确的鉴别，这是由两种完全不同的病毒感染引起的病变。
上呼吸道感染的传染性并没有新冠肺炎传染性强，病情相对比较轻，一般不会出现危重后果。而新冠肺炎患者，在病情严重的情况下可能会有生命危险，病情大多比较严重。
新冠肺炎还需要与非感染性疾病进行鉴别，如皮肌炎、血管炎、机化性肺炎等。如果儿童出现新型冠状肺炎，尤其川崎病要进行明确的鉴别。新冠病毒肺炎的患者，还要与其他病毒、细菌、衣原体、支原体等病原体感染引起的肺炎，进行鉴别。