肛瘘会继发感染，而且肛瘘继发感染会反复发作。在患者经手术完全治愈肛瘘前，继发感染的症状会持续存在。
因为肛瘘在直肠内有内口，一般位于齿状线处的肛隐窝，而直肠内的粪便以及黏液等感染物质，会通过肛瘘内口持续不断地进入肛瘘瘘管内，从而导致瘘管内继发出现感染，而且会反复发作。每次出现继发感染时，患者就会出现肿痛以及流脓的症状，经使用抗生素抗炎等保守治疗，症状大多在一周之内能够缓解，局部炎症水肿也会逐渐消退，随即进入肛瘘的发作间歇期。一段时间后，上述症状又会再次发生，反反复复，不能够自愈。
肛瘘患者也只有通过手术治疗才能完全治愈，防止其反复出现继发感染。